晴朗時(shí)節(jié)，江戶川柯南（高山南 配音）和毛利小五郎（小山力也 配音）、小蘭（山崎和佳奈 配音）以及少年偵探團(tuán)的伙伴們一同來到京都，他們即將登上自衛(wèi)隊(duì)的宙斯盾戰(zhàn)艦，體驗(yàn)一把出海作戰(zhàn)的感覺，期間還結(jié)識了美麗又有著幾分神秘的女自衛(wèi)隊(duì)員藤井七海（柴咲幸 配音）。誰知快樂的氛圍很快被恐慌所替代，戰(zhàn)艦上突然發(fā)現(xiàn)一條斷掉的手臂，消失的自衛(wèi)隊(duì)員又引起軍方的恐慌與猜測。原來某國神秘間諜X已悄悄登上宙斯盾，伺機(jī)盜取戰(zhàn)艦上的絕密情報(bào)。為了找出隱藏的對手，柯南和灰原哀（林原惠美 配音）、阿笠博士（緒方賢一 配音）、服部平次（堀川亮 配音）以及遠(yuǎn)山和葉（宮村優(yōu)子 配音）通力合作，與間諜展開連番斗智斗勇的較量……
高山南 山崎和佳奈 小山力也 速水獎(jiǎng) 高田裕司 小清水亞美 草尾毅 飛田展男 高木涉 湯屋敦子 茶風(fēng)林 岸野幸正 綠川光 山田孝之 山下美月
趙雅頓 梅·洪 柳智英 安孝燮 金允珍 鄭肯 李炳憲 金大賢 Rumi Oak 喬爾·金·布斯特 麗茲·考什 Alan Lee 趙勝汪 瑪吉·康 約翰·埃里克·本特利
邁克爾·切克利斯 克里斯·賈伊·阿歷克斯 薩莎·亞歷山大 卡斯圖羅·格雷拉 菲伊·瑪塔 潘塔·莫斯勒 野路美苗 格里芬·皮阿圖 科林·薩蒙 伊馬里·威廉斯 諾希爾·達(dá)拉爾 德爾伯特·昆都
山田康雄 增山江威子 小林清志 井上真樹夫 納谷悟朗 鹽澤登代路 大塚周夫 平野文 潘惠子 吉田理保子 戶田惠子 島津冴子 緒方賢一 大宮悌二 藤城裕士 田口昂 喜多川拓郎 大瀧進(jìn)矢 河合奈保子
湯姆·漢克斯 蒂姆·艾倫 華萊士·肖恩 科里·伯頓 托尼·考克斯 唐納德·富利洛夫 埃米莉·哈恩 唐·里克斯 羅里·艾倫 愛絲黛兒·哈里斯 約翰·拉森貝格 馬克 A·沃爾什 提摩西·道爾頓 瓊·庫薩克 雪莉·琳恩 洛麗·理查德森 卡洛斯·阿拉斯拉奇 約翰·齊甘 艾米麗·戴維斯 安迪·費(fèi)舍爾-普林斯 杰斯·哈梅爾 安格斯·麥克萊恩 丹尼·曼恩 莫娜·馬歇爾 Alec Medlock 泰迪·牛頓 范立美 吉姆·瓦德 克勞福德·威爾森